La Conquista de Chile es un periodo de la historia de Chile que comprende desde la llegada de Pedro de Valdivia a Chile en 1541hasta la muerte de Martín García Óñez de Loyola, durante la batalla de Curalaba en 1598.

A pesar de haber acumulado una fortuna significativa por su participación en el Perú, su espíritu intranquilo lo llevó a iniciar un viaje a Chile, para dejar gloria y fama de sí. Enabril de 1539, Pizarro le dio autorización como su teniente de gobernador para pasar a conquistar Chile, pero eso no implicaba ayuda monetaria, tenía que procurársela por su cuenta. Se asoció con el comerciante Francisco Martínez Vegaso, con el capitánAlonso de Monroy y así mismo debió celebrar contrato de compañía con Pedro Sánchez de la Hoz, antiguo secretario de Pizarro, que venía de regreso de España con la autorización del rey para explorar las tierras del sur del estrecho de Magallanes y el título de gobernador de las tierras que allí descubriese.

Después de la fracasada expedición de Almagro, nadie quería ir a Chile, considerada una tierra maldita que no ofrecía riquezas, sino sólo sufrimientos. Consiguió solo oncesoldados para su hueste, más una mujer, Inés Suárez, y unos mil indios auxiliares. A lo largo del camino se le unirían más expedicionarios, como Francisco de Villagra yFrancisco de Aguirre que junto a sus hombres incrementaron las huestes de Valdivia.

Al contrario de Diego de Almagro, tomó la ruta por el desierto de Atacama. Sánchez de la Hoz, que se había quedado en el Perú tratando de conseguir refuerzos pactados, lo que no consiguió llenándose de deudas, llegó al campamento de Valdivia por la nochey lo intentó asesinar para usurpar la jefatura de la hueste.

Pero Valdivia se encontraba ausente, y a su regreso perdona a Sánchez de la Hoz y destierra a tres de sus cómplices, obteniendo a cambio la renuncia de este a todo derecho de expedición y conquista.

Al llegar al valle de Copiapó, toma solemne posesión en nombre del rey de España de esta tierra y la nombra Nueva Extremadura, en recuerdo a su tierra natal. Renueva la marcha hacia el valle del Aconcagua, donde el cacique Michimalonko intentó detenerlo sin éxito. El 12 de febrero de 1541, echó las bases de la ciudad de Santiago del Nuevo Extremo a los pies del cerro Santa Lucía (Huelén enmapudungún) y encerrada entre los brazos del Mapocho. Trazó la ciudad en forma de damero, dentro de la isla fluvial dividen todo el terreno en manzanas, que se partieron a la vez en cuatro solares que se asignaron a los primeros vecinos. Al trazado y formación de la ciudad le siguió la creación del primer cabildo, organismo que ordenaba la vida pública en aquel entonces, importando el sistema jurídico e institucional español.

Comenzó a correr la voz de que los almagristas habían matado a Pizarro. De ser cierta la noticia, los poderes de teniente gobernador de Valdivia quedaban caducados. Podría entonces venir otra persona del Perú a tomar mando de la naciente colonia y quedar en el olvido, entregándole las encomiendas de indios a advenedizos.

El cabildo consideró estos puntos resolvieron entregar a Valdivia el título de Gobernador y Capitán General en nombre del rey, que este rechazó inicialmente por motivos estratégicos de no quedar como traidor ante Pizarro por si seguía vivo, pero ante la amenaza de entregárselo a alguien más, aceptó el título, el 11 de junio de 1541, siendo entonces el primer Gobernador de Chile.

Valdivia organiza el primer reparto de encomiendas de indios entre los vecinos de Santiago. A pesar de que Chile no era rico en recursos minerales como el Perú, y no tenía una mano de obra indígena tan eficaz, se destinaron estos indios a atender las faenas del campo, a la construcción de casas y por sobre todo a los lavaderos de oro. Los primeros tiempos fueron duros, especialmente después del ataque del cacique Michimalonco, el 11 de septiembre de 1541, sobre la naciente ciudad, reduciéndola a un montón de escombros a causa de los incendios. Los indígenas aprovecharon la ocasión en que Valdivia y un grupo de conquistadores exploraban fuera de la ciudad para atacar. Quienes defendieron la ciudad en su momento dieron dura batalla y el resultado no fue peor gracias a la ayuda de Doña Inés de Suárez quien decidió darles muerte a los caciques prisioneros y lanzar sus cabezas a los atacantes sobre las empaladizas que rodeaban la ciudad.

Las hostilidades de los ataques se detuvieron, pero la ciudad casi destruida cayó en la miseria por lo que, para poder salvar la conquista de Chile, Valdivia mandó por auxilios al Perú a Alonso Monroy que sólo pudo regresar con la ayuda encomendada a fines de 1543, casi tres años después de la destrucción de la ciudad.

Valdivia Inició diversas obras de avance, entre las que se destaca la fundación de otras ciudades, comenzando por La Serena (1544). Luego Valdivia emprendió una campaña hacia el inexplorado sur, llegando a las márgenes del río Bío-Bío, iniciando la guerra contra el pueblo Mapuche o Guerra de Arauco, la que es relatada por Alonso de Ercilla en su obra La Araucana (1576). Militarmente obtuvo importantes triunfos, como la batalla de Andalién y la batalla de Penco (1550). Estas grandes victorias permitieron a Valdivia establecer ciudades en territorios indígenas, como Concepción (1550), La Imperial, Valdivia(1552), Villarrica (1552), y Los Confines (1553). Ese mismo año la rebelión mapuche liderada por Lautaro en una trascendental batalla acabó con la vida de Valdivia en Tucapel en 1553.

En el testamento de Valdivia, que sólo se debía abrir a su muerte, nombraba gobernador de Chile en primer lugar a Jerónimo de Alderete, en segundo a Francisco de Aguirre y por último a Francisco de Villagra. Alderete se encontraba en España negociando el reconocimiento del cargo de Valdivia por el rey, Aguirre en la conquista de Tucumán y Villagra en las ciudades del sur (Concepción, La Imperial y Valdivia). Las ciudades del sur proclamaron entonces a Villagra como gobernador. No pasó lo mismo en Santiago en donde no se respetó el testamento de Valdivia y el Cabildo proclamó gobernador a Rodrigo de Quiroga.

Villagra intentó detener la rebelión indígena, que tenía como cabeza a Lautaro, pero al enfrentarse en la batalla de Marigueñu (26 de febrero) sufrió una terrible derrota, a consecuencia de la cual, resultó con la mitad de sus soldados muertos y sufriendo el despoblamiento y la destrucción de Concepción.

Llegado Villagra a Santiago para arreglar su situación, se obligó a Quiroga a dejar el mando. Pero el hijo de Aguirre le comunicó a su padre los acontecimientos y su designación del segundo lugar en el testamento, por lo que regresó a Chile y se entabló una pelea entre los dos capitanes, del que salió mejor parado Villagra, producto que su rival tenía apoyo solo en el norte de la gobernación (La Serena y Tucumán), mientras Villagra contaba con el apoyo de los habitantes de las ciudades del sur, muchos de ellos habitando en Santiago luego del despoblamiento de Concepción.

Para dirimir esta situación el Cabildo de Santiago somete la situación al fallo arbitral de los dos letrados que habitan en Santiago, los licenciados Alonso de las Peñas y Julián Gutiérrez de Altamirano. Si bien Villagra aceptó someterse al fallo de los letrados, Aguirre los rechazó al desconfiar de las decisiones que se tomaran en Santiago.

Los letrados viajaron a Valparaíso a dictar su falla, la sentencia llegó a Santiago el 3 de octubre y fue leída en la plaza de armas la mañana siguiente. En ella se disponía que Villagrá partiese inmediatamente a socorrer las ciudades de la Imperial y Valdivia y que si en el plazo de siete meses no llegaba de la Audiencia el nombre del nuevo mandatarío se reconociese a Villagra como Gobernador.

La guerra de Arauco seguía su rumbo, y Lautaro vuelve a vencer a los españoles en Angol y en la refundada Concepción. Villagra cumpliendo el fallo de los letrados marcha al sur, y logra introducirse con sus hombres por sorpresa en el campamento mapuche, matando a Lautaro y venciendo a los araucanos en la Batalla de Mataquito (1 de abril de 1557).

Cuando se cumplieron los siete meses que los letrados habían dado como plazo a la Audiencia, Villagra vuelve a Santiago donde es nombrado Gobernador, una vez con el título decide viajar a La Serena a hacer valer su título frente a Aguirre, pero este al enterarse que Villagra viene en camino viaja a Copiapó para evitarlo. En Copiapó Aguirre recibe noticias desde el norte, había llegado un nuevo virrey al Perú y se había nombrado un nuevo Gobernador para Chile ; se trataba de García Hurtado de Mendoza.